Sélestat devient une ville libre impériale et les corporations urbaines décident la construction d’une nouvelle église, plus vaste que la prieurale Sainte-Foy et le plus près possible de celle-ci : une façon de dire au prieur, autorité religieuse et politique, qu’il va devoir désormais compter avec l’organisation corporative de la cité.

Au cours du 13ème siècle, d’autres communautés religieuses s’installent à l’abri des fortifications : les Dominicaines, les Hospitaliers de Saint-Jean, les Franciscains, les Dominicains.

Au début du 15ème siècle, une école latine se fait connaître dont la réputation ira croissant durant les décennies suivantes, pour atteindre son apogée vers 1510. Un prêtre lettré décide en 1452 de léguer ses manuscrits à cette école : c’est la naissance d’une bibliothèque fameuse qui, quelques siècles plus tard, recevra le qualificatif d’ "humaniste" par référence à ceux qui ont constitué les deux fonds principaux, le curé Jean de Westhus et le célèbre érudit sélestadien Beatus Rhenanus. En 1507, un ancien élève de cette "grande" école latine, prestigieux foyer d ‘humanisme, le poète et géographe Mathias Ringmann baptise le nouveau continent découvert par Christophe Colomb. Il l’appelle America en l’honneur d’un autre navigateur, Amerigo Vespucci qui, en 1459, a suivi la même voie que le premier, mais qui n’a pas hésité, lui, à parler de "monde nouveau" à propos de ce qui deviendra l’Amérique. Un continent qui doit donc son nom à un ... Sélestadien !

En 1634, les troupes du roi de France Louis XIII investissent la ville. C’est le début de la souveraineté française qui se traduira en 1673 par la décision de démanteler les anciennes fortifications médiévales pour les remplacer par le système beaucoup plus efficace de l’ingénieur militaire Vauban. En 1765, Louis XV ordonne le départ des Jésuites et en 1791, ce sont tous les ordres monastiques qui sont expulsés. La révolution entre en 1793 dans sa phase terroriste et de nombreux monuments de la ville sont mutilés par des groupuscules fanatiques. Assiégée deux fois (1814 et 1815), la ville connaît à partir de 1820 une extension dans toutes les directions et se trouve à l’étroit dans son enceinte du 17ème siècle. C’est sans état d’âme (l’époque n’était guère respectueuse du patrimoine historique) que les autorités allemandes de 1874 se prononcent pour une démolition des remparts Vauban. Un peu plus tard, l’église Sainte-Foy fait l’objet d’une importante "cure de rajeunissement" : on essaie, parfois de manière discutable, de redonner à l’édifice l’aspect qu’il avait avant les "hénaurmes" remaniements perpétrés par les Jésuites aux 17ème et 18ème siècles.